40代半ばの男性です。 奥さんと中学生2人（男女）と幼稚園（女）の5人暮らしです。 同じ家の中で奥さんと子供たちが私とは別の生活をしていることで悩んでいます

奥さんが働くの嫌というのは、どうなんですかね？
世帯収入が少なくなるなら協力するのが家族ですし、むしろ専業主婦であることで家事と子育てが完璧に出来るのでしょうか？
ただ、家族の関係性という意味では、主さまのところだけではなく、中学生くらいの子どもがいる家庭では夫婦の仲は冷めているところが多いと思いますよ。
全ての家庭ではありませんが、円満を維持できている家庭は全ての面で努力が重なって形成されてると思います。
収入
生活環境（住居や地域）
家事、育児の協力
お互いの実家との関係

例えば収入が低くても真面目であり子育てに協力的であったり、コミュニケーションがとれているか否かでも変わってきますよね。
奥さんともっと話し合って下さい。