丁寧すぎて遅すぎるレジの店員さんについてクレーム出すのは非情でしょうか？ 普段行くスーパーに、悪く言えば卑屈なほど丁寧なアラフィフか60代前半くらいっぽい女性

経営者やってたことがあります。
「嫌なら店に行くな」いわゆるサイレントクレーマーは、経営者にとって一番怖い言葉です。
従業員はどんな損害出しても賠償責任はなく時給はもらえるから、店のことなど考えなくていい。お客様がこなくなっても痛手はありません。
だから自分に文句があってもクレーム言われない方がそりゃあ良いでしょうね。
経営者としては、黙って来なくなるよりちゃんとクレーム言ってくれる方が有り難いです。主さんの場合理不尽でも何でもないクレームですし。
従業員は辞めてしまえば店が潰れようが関係ないから、嫌なら来るなと平気で言えます。従業員一人のために来なくなるならクレーム言っていただける方が店は助かります。
ボランティアで従業員雇ってるのではないから、お客様を減らすリスクがある従業員なら甘いこと言っていられません。
そんなに迷惑かけてるなら、是非クレームを。責任者が気づいてないかもしれません。