学校の対応についてです。 今日、中３の息子が学校に遅刻していき、２時限目の授業までずっと机に伏せていたようです。 教頭先生が相談室に連れていき、 話をした

息子さんが、教室に戻りたかったといったのですか？
それとも主さんが、息子さんに教室に戻ってほしかったのですか？

先生は、息子さんの様子から教室に戻るより相談室にいた方がいいと判断されたのではないでしょうか。

学校側と話す前に、まずは息子さんの話をよく聞いてみることだと思います。
そうして問題点はどこなのか、よく整理してから学校側と話されることだと思います。
主さんの希望より、まずは息子さんの現状を把握することではないでしょうか。