派遣社員として働いています。 現在コロナの影響で、社員は極力出社しないようにと社長から言い渡され、週2-3勤務になりましたが派遣社員は通常勤務です。

アカウント違いますが主です。

同部署の同僚へ相談したところ、用事があって休む場合もあるから休むことに対して上司は了承するだろう。ただ、自分の仕事が期日までに終わるのかどうか。ではないかとのことでした。

確かにそうかもしれませんが、こういう状況なのだから仕事があるないに関係なく強制的に在宅勤務としても良いのではないかと思います。

期日があったとしてもお客様とのやり取りとかでなければ今出勤してやる必要はないと思います。