父親が彼との学歴差に関することで結婚を反対しています。 私は20代後半、都内文系偏差値60卒、年収370万 婚約者(男)は30代、理系偏差値40台卒、年

20台後半、いわゆる適齢期のお嬢さんの結婚に水を差すって、正直かなり大きいですよね…

出身大学の名前は人生である程度付きまといますけど、お父様の場合少しこだわり方が粘着質だと思います(ごめんなさい、正直な感想です)
学歴に対する負い目とおっしゃられていますけど、長い人生でこれから学歴以上に人生を左右する出来事は様々あるようには思います。子供がいるいない、ご夫婦のどちらかが失職した、などなど。

どのご家庭も結婚後に一悶着あります。結婚するしないといったレベルじゃないと見えてこない相手の姿ってありますから。
ただお父様の場合、お嬢さんが高偏差値の大学に通われた事で、お婿さんはもしかしたらもっといい方が…と欲目が出ている印象です。