私のほうが悪いのに父に謝られました。今までのこと、どう償えばよいでしょう。 幼い頃、母方の祖母がいたため父は実質婿扱いで、いつも寡黙でそれまで怒られたこと

私は親の立場ですが、お父さんが過去の暴力を謝ってくれた事、良かったと思います。
中々出来る事（子供に謝るという事）ではありません。

主さんが悪かったというのはどの部分でしょう？
不登校になったりお父さんを避けてしまった事でしょうか？

それも当時の思春期の主さんにとっては仕方がなかった事と思いましょう。
お父さんもそこは理解しての謝罪だと思いますよ。

今仲良くやっているならそれで良いと思います。
結果的に、年月を重ねた後で仲良くなれたのだから、主さんは親孝行の娘さんだと思いますよ。