勝手に早く会社に来て仕事をして、後から残業代請求できますか？　上司は知っているけど黙認していました。残業代が出ないなら明確に始業時間前に仕事することを禁止にする

主さんは上司に早出の申請と報告だけはきちんとしておく。日報があればしっかり記載。
払わないのは会社側の勝手な都合、屁理屈。請求根拠はしっかり残す。
ブラック企業ってのは地雷と同じ。下手にいじると自爆。分解するには相当の技量や経験が必要。だから普通は地雷を避けます。ブラック企業は早くやめたほうがいい。
早出残業問題以外の賞与や退職金、福利厚生、環境がよければ天秤にかけるけれど…トップが36も無視なら世代交代でもしないと改善は無理そう…