職場に苦手な先輩がいます。 上司からは、「苦手意識を持つことがそもそもいけない。」「そういう風に考えるからますます苦手になっていくんだ」と言われていますが

あなたの方が先輩を引っ張る立場だと思います。
やり方については、その先輩はそういうやり方をする人材として、あなたが使ってしまえばよいです。
月一しか来ないのですし、出来ることをやりやすいやり方で、やってもらいましょう。
ただし、仕事に支障が出るなら、その点はハッキリ注意すべきと思います。
教えてもらったのと違うんじゃないの？っていう言い方ではなく、
「こういうやり方をすると、あの仕事にこのような悪影響が出るので、このやり方にすることで、その問題点は回避できます。」というように、具体的に先輩のやり方ではどんな問題点があるのかを、声にした方が良いと思います。
「こんなん、言わなくてもわかるやろ」という態度は、プラスになりません。
問題点が些細な事で、仕事に支障が出るとまではいかないならば、そのやり方を認めてあげてください。