実は、今の職場で思ったのは従業員とのやり取りには（お疲れまです）とか会社休みの時は、休みを取る度に（今日は、休み頂きます）等を上司に挨拶を頻繁に云わないとならな

いや、これが普通の事と思うのですが？
特に仕事内容が即反映される会社なら余計に。何かあったとき連絡受けていない。や、上司の方の仕事の本当に急ぎの急用で、あなたと連絡を取らなくてはならない時など、直接休みの報告を受けていないから、居るものと勘違いして時間を浪費してしまったり、あげく、連絡がつかないということに陥る可能性もあるかと。