就労継続支援B型事業所の職員（こちらは利用者）に好意を伝えない方が身のためでしょうか？ 通ってる作業所に好きな女性の職員がいます。今好意を伝えてしまうと、

そうです。相手の心境に多大な影響を与えます。それが不安や苦痛になり、勤務に悪影響をきたすケースも実例をたくさん知っています。また、そういうことがあれば、その方は間違いなく施設長や上司に報告します。「あなたの接し方に問題があったのでは？」と叱責や追及を受けるケースも珍しくありません。また、異動やシフトの変更を迫られたり、最悪、退職になってしまったケースも知っています。

厳しい言い方ですが、迷惑以外の何物でもありません。

「気持ちは嬉しいけど」と言っていても、内心では迷惑がっている可能性は、高いではなくて、100パーセントです。