薬学部の4年生です。 卒業研究をするために研究室活動を行っているのですが、私を担当してくれている先生とのことで相談があります。 先生は良い人なのですが、短気

細かい言い回しが誤解を招いていると思います。
実際には真意を察してくれてるかもしれませんが、少なくない苛立ちを与えてる可能性が高いと思います。

それを言ったら相手がどう思うかというポイントを考えた方が良いと思います。

具体的には、まず先生にも言われた「怒る」という表現が不味いですね。
その言い方だと、理不尽に怒りの感情をぶつけられたような意味に受け取られかねません。
正しくは「お叱り、ご指導」ですね。

さらに細かいことを言うと
「怒られるのが不安で行けない」という言い方だと、先生が粗暴な人だから堪えられない。という意味になりかねません。
「失敗してしまうのが不安」と言い替えた方が平和だと思いますし、恐らく言いたかったのはそちらではありませんか？

「研究室休んでるから落ち着いた」というのも「お前ら研究室のせいで調子崩したんだよ」と喧嘩売ってるも同然の発言ですよ。

「お休みをいただいているお陰で落ち着いた」と言うべきでしたね。
同じようで、全く違うのです。

無自覚でしょうが、主さんの発言は「お前らが全部悪い」と言ってるように受け取られかねませんよ。
それでは相手の感情を嫌でも逆撫でしてしまうし、厳しいお言葉をいただくことになってしまうのも当然の帰結かと。

恩返し云々は考えても仕方がないことですので、自分の進路のためにどうするのが良いか考えた方が良いと思いますよ。