私は高校３年生で、今週から進学先の出願が始まります。願書に証明写真を貼るのですが、そこには3ヶ月以内に撮った写真を貼ると記載してあり、昨日撮りに行きました。今日

3ヶ月以内の写真が望ましいです。
撮影期限が設定されているのは、あまりにも昔の写真だと本人かどうか確認できないからです。写真を撮ったのが直近なら実物とそこまで変わらないはずなので、主さんが撮った証明写真を貼るのがいいと思います。

統一させたい先生は統一したほうがいいから不機嫌になったんじゃなくて、自分の言うことを聞かなかったから不機嫌になったんだと思います。
4月からそこまで大きく変わってなければその時の写真でもいいと考える人だったのかもしれません。

でも、願書に貼る写真はもし剥がれたときに誰かわかるように、裏に名前と学校名、あれば学科、学籍番号、撮影した日時などを書かないといけないので、4月の写真を使うと嘘を書くことになります。
なのでやっぱり主さんが撮った証明写真を使うのがいいと思います。