中学生女子です。 部屋に統一感を出して、おしゃれにしたいです。 大きな家具はそのまま使いたいです。 ですがベットは白、勉強机は黒です。買い換えないとダメで

家具を全て黒か白のどちらか一色にしたいのですか？
中学生なのであるものを利用したり
買い直してもらうにしても、手頃で長く使えそうなものを探して
親御さんに買ってもらうことになりますね。

オシャレにしたいのであれば、
黒と白、または白とベージュ（茶系）など色くらいにまとめると
いいかもしれませんね。
黒白だとシンプルでかっこいい感じ、白とベージュ（茶系）だと
優しい感じになりますかね。
私の子供（娘たち）の部屋は、白と茶系が多いです。

机が黒で収納が多めということですが、前面に棚などが付いている感じでしょうか？
収納が机の下部分だけであれば合わせやすいかもしれませんね。
丸いすや、キャスター付きの棚がベージュとのことですが、
黒白のモノトーンにしたければ椅子であればカバーなどをつけたり、
棚はペンキで塗ったりシートを貼ってリメイクするのもいいでしょう。
素材によっては難しいかもしれませんが。。
または、棚も何を飾っているかによりますがごちゃついて見える場合は
目隠しカーテンなどをつけるのもいいですね。

白とベージュでまとめたいのであれば
黒い机を塗るか、もしくは断捨離して
収納が少なめのシンプルな机に買い換えるという方法もありますね

タンスはなくせるとのことですが、部屋に備え付けの
棚（クローゼット）があるのでしょうか？
３畳と狭めなので、まずは部屋を大きく見せてすっきり見えるには
なるべく背が高いタンスなどの家具は減らしたいところですね。
もし服、その他のものが多いのであれば断捨離するのもいいかもしれません。