四年以上やっていた副業先（コンビニバイト）を今月いっぱいで辞める事にしました。 オーナーさんも店長さんも凄く良い方で大変良くしてもらってたので居心地が良くて元

自分も似たような人で仕事辞めたことが数回あります。この人さえいなければ辞めてなかったのにってことが。
自分の場合、主さんみたいに人に相談ができず最後は１人で抱えすぎて鬱になってしまいました。

そのお局もパートってことでしょうか？
いるんですよねそういう人。自分も大嫌いなタイプ。
ただ、そのオーナーがそれだけ注意してくれるってことなら、改めて店長も含めて嫌がらせされてること相談してみたらいかがですか？
最低限、そのパートと合わないシフトにかえてもらうとか。それだけ味方になってくれたなら何かしら対処してくれると思いますよ。
迷惑かどうかで言うなら、問題を解決させた方が店側にとっては助かるわけですから。

ただ、副業のバイトの話のようですし、理由話してすぐ辞めて他行くのもありかも知れませんね。引き止めるならそのお局と会わないようにしてくれと交渉もできますし。