小学生4年生の娘が不登校になってしまいました。 どうしたらいいかわかりません… 3年生の時も行き渋りはありましたが、4年生になり、始業式に行ったっきりです。

それはご心配ですね。

3年生のときにも行き渋りがあったということなので、何か、学校が合わない点があるのかもしれません。
私たちの頃には学校に行かないなんて考えられませんでしたが、学校のシステムも子どもたちが置かれている状況も、ずいぶんと変わってきました。
今の学校は、ある種の感性を持った子にはとても辛い場所のようです。
親が思うよりずっと、子どもが学校に通うというのは大変なことのようです。

娘さんは今まで、かなり我慢して頑張って学校に通っていたのではないかと思います。
担任の先生はそう仰っても、しばらく休ませてあげてはいかがでしょう。
娘さんは学校に行かないのでも行きたくないのでもなく、「行けない」のです。
謂わば、体が拒否してしまうのですね。
行けないものは、仕方がないね。
そんなふうに認めてあげるだけでも、娘さんは楽になるのではないかと思います。

少しずつ、時間をかけて、娘さんの気持ちを解きほぐしてあげてはと思います。