私にはトランスジェンダー女性(体は男性)の友人がいて、元々私の偏見から彼女は男性が好きなんだと思っていたので、普通に女友達のように仲良くしていました。 そ

それは普通に女が好きな男でしょう。
レズビアンというのは女に生まれたのに女を恋愛対象とする女の事で貴女の友人はレズビアンじゃないですよ。普通の女を恋愛対象とする男に過ぎません。

なので当然、彼からすると貴女は友達ではなく異性（性対象）として見ていると思うので、【私は彼女とは友達として仲良くしたいです】は無理でしょう。
女友達だっていいのになぜ彼にこだわるのか？と言ったら彼が女ではなく男だから都合がいいからでは。矛盾してるんですよね、貴女も。