いつも1時間残業してますが 残業手当がついてなく 時間外手当がついてます。 おかしいと思い オーナーにきいたら 時間外手当1万つけてるから と言われ

勤務時間は何時から何時までですか？

勤務時間8時間または週40時間超えた分は時間外手当です。

例えば9時から17時までが勤務時間の場合、17時から18時までの残業は法定内残業ですから会社には残業代支払い義務はありませんので支払っていない企業もたくさんあります。

また、17時から18時の法定内残業について支払義務はなくても残業代や残業手当と名付けて支払っている企業もたくさんあります。

一方、18時以後は法定外残業ですから労働基準法上時間外手当の支払義務があります。時間外手当という用語は労働基準法上の用語です。

勤務時間か9時から18時までなら18時以後の残業に対しては時間外手当を会社は支払義務があります。

したがって、社長の時間外手当を支払っているとの発言は正しい表現です。

法定内残業には残業代。
法定外残業には時間外手当。
用語を整理して使用しないと混同してしまいます。