親戚がお金に困っているようで、100万単位でお金を貸してほしいと言われたのですが、 自分の独身時代の貯金から出す分には、妻に事実を話す必要はありませんよね

法的には独身時代の貯蓄は、本人の物です。
ですが妻が嫌がるかも？と想像出来ているのが正解で、知っているなら「もしもの時に出して貰いたい。」と考えるのは人情なんじゃないでしょうか？
妹旦那の一大事だそうですが、理由を知らずに貸すのは問題だと思いますよ。
もしそれが妹を裏切る行為で出来た理由だった場合、永遠と続く借金になるかも知れないし、妹が知ったら主さんは裏切り者扱いされます。
ちゃんと理由を聞いて、妻を説得するのが得策だと思います。