職場でヤメハラ的なことを受けています。 私の部署ではA班(私含め2人＋新人)とB班(2人)でやることが別れています。 私A班に所属しており、管理業務

とりあえず課長にはメールで経緯を説明しては？

どんな事情であれ、課長に不快な気持ちをさせてしまった事を大変申し訳なく思っております。
おっしゃる通り、最初に課長にお伝えすべきか悩みましたが当時はトップである社長の決断を待ってからの方が良いと判断してしまい、
結果今となっては課長に申し訳なかったと後悔をしております。

何度も経緯を説明しようとしましたが、直接では聞き入れていただけなかったので大変恐縮ですが休職前にメールにてお伝えさせていただきました。
理由すらも伝わらず、ただ「後回しにされた」という一部分だけを切り取り、
不快な思いを課長にさせたまま休職するのは、お世話になった部下の立場として、このまま謝罪と経緯説明をせずにはいられなかったので申し訳ございません。

こんな感じで送ってはどうでしょう？
読んでもらえるか理解してもらえるかは課長次第なのでわかりませんが、
とりあえず自分の伝えたいことは全て伝えたとスッキリした気持ちで休職に入った方がよろしいかと思いますよ。