同棲しても彼が「いってきます」や「ただいま」など自分からは全く言わないのでなんだか寂しいです。朝いつのまにか家にいないことがよくあります。同棲を始めてからずっと

彼は、いただきますやごちそうさま、おやすみ等は言いますか？
もしかすると彼は、挨拶をする習慣がないのかもしれません。
もしそうなら、思わせ振りをしても彼には伝わらないのではと思います。
一度ちゃんと、話し合ってみられてはいかがでしょうか。

一緒に暮らすんだから、いってきますやただいまといった挨拶はお互いにするようにしよう、と話し合って取り決められてはと思います。
違う生活習慣の二人が一緒に生活するためには、ちゃんと言葉にして話し合うことが大切だと思います。