勘違い？トラブルって仲直り出来るかどうかって具体的にどういう所で決まってくるんでしょうか？ 自分は職場関係の女性から勘違いされてその女性から上司へ「○○さ

「実際にお菓子を渡したかどうか」
は、問題の主旨ではないと思いますよ？

「お菓子をあげる」と主さんが言ったことは事実なのですし、
上司さんが脳内補完して「お菓子をあげた」と解釈しただけかも知れませんので。
この場合、上司さんが誤解しただけで、
先方は嘘をついていませんよね？

なんにせよ、
問題のポイントは、お菓子云々ではなく
「その女性が嫌がっている」という一点です。
なにか主さんが相手の気に障る言葉を言ったのかもしれませんし、
態度に問題があったのかも知れません。

次のヒアリングまでに、もう一度よく思い出してみては？