彼氏に出身大学名聞かれたので答えたら「へー、じゃあ頭良いんだ」と言って黙ってしまいました。実際入るのも難しかったので否定したら嫌味かなと思い否定しませんでした。

難しい問題だね。そこで｢まぐれだよー｣とか謙遜しても嫌味だったかもだし。でも否定しなかったのが原因のひとつかもだね。

彼のプライドの問題。正直あなたの方が高学歴なのは事実だし隠しようが無いし仕方がないこと。それを気にする方が小さい男だなと思うけど。本人がそう思って割り切るしかないと思う。
あなたは何も悪くないし、下手にフォローしようとすると余計こじれるかも。学歴の話に触れず、彼のよそよそしさを気にする素振りもせず、申し訳なさも出さず、いつも通りに過ごすしかないと思う