総務で以前居た会社では、賞与は部長以上は基本給の1.5倍、課長は1.2倍、平社員は基本給、その比率で賞与総額を配分するシステムに変わったのですが、これ普通でしょ

会社によります。

そもそも賞与は、労基法上で
「その額があらかじめ定められていないもの」とされています。

たとえば、会社の就業規則や労働契約で
「給与の〇ヶ月分」と明記されているのであれば、
その額を減らすことは出来ませんが、
主さんの会社のように
「比率で賞与総額を配分する」と記載されているのなら、
その規則に従って支払われるだけです。