妹が不倫しています。 旦那とはもう離婚確定していて、後は親権についてもう少し話し合いが必要な状態です。 現在別居しており、妹は実家に子供と帰ってきていますが

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妹さんと彼との関係が始まったときに、夫婦関係が既に破綻していたかどうか、夫婦関係の破綻の原因が妹さんの不倫であるのか、にもよりますが。

妹さんが彼と知り合ったときに、すでに夫婦関係が破綻していた場合、不倫相手は不法行為責任を負わない、というのが法的な解釈です(H8.3.26最高裁判例)

いずれにしても、もう離婚も確定しているなら、自由の身でいいのではないかと思います。