アルバイト先で機械のトラブルが起きて社員に対応してもらったんですが、 その社員あまり接客よくありません。(笑顔がない、目を合わせない) そのときお客様大分お

ばれるばれないではなく、クレームを入れる事自体が筋違いですね。
その社員の元々の接客どうこうもあるかもしれませんが、機械トラブルを対応している社員がいる。それをそばで見ている貴方がいる。社員がトラブルを対応しているのに、しっかりとその間の接客をしない貴方にクレームがいっても仕方がありませんよ。
貴方は社員にトラブルに対応してくれた事を感謝しても、クレームなど入れるべきではありません。

もしも、クレームを入れた場合、貴方たちの上司がそのお客様に謝罪の電話や謝罪の為訪問した場合ばれますよ。