近畿大学の特待の経営学部か関関同立に進学するならやはり関関同立の方が良いでしょうか？

状況によると思います。
同志社、関学に行ける実力があるのであれば、同志社、関学に行った方が良いかなと思います。
たとえば、銀行や商社などは、大学の知名度が就職に影響しますので、同志社や関学が圧倒的に強いです。
ですが、最近の近大は、関関同立とレベル差が縮まってきていますので、関大ぐらいだと、近大の特待生で行くのもありだと思います。
学費免除は相当魅力ですから、経済的にきついのであれば、全然ありだと思います。