私はハムスターを4匹飼っているのですが、ハムスターを動物病院に連れて行ったら回し車は運動にならないから要らないし、ハムスターは土に潜って生活する動物だから2階も

そりゃハムスターが運動不足にならないくらい広いゲージで飼えるなら、平たいところに土を入れてあげて、穴を自由に掘らせて、水溜まりになった部分で水分補給させた方が良いですよ。
でも、動物園の行動展示じゃないんだから(笑)

２階に上がる部分が梯子とかで転落する危険があるなら撤去した方が良いですが、普通に坂とかで湿気が大丈夫ならあっても良いのでは？
水分だって給水機で良いと思うし、敷物も主さんとハムスターの体質に合うもので良いと思いますよ。

トイレに関しては、砂を食べてしまうなら、食べて大丈夫なものにするか撤去が望ましいと思います。

獣医さんは最高の飼い方を指導してくれたのだと思いますが、４匹がストレスなく過ごせるスペースは平たい場所に確保できないなら、色々工夫した飼い方で良いと思います。

回し車は足を挟まないなら、ハムスターのストレス発散にはなるのでは？