父の姉の旦那さん(義理の叔父)が亡くなったそうなんですが、父いわく私は行かなくて良いそうです。その理由が気になってるんですが、私は40近くてフリーターです。因み

お葬式に参列する人数や間柄は、その家や喪主の考え方によって違います。
私の叔父の奥さんが亡くなった時には、私は参列しました。
でも、主人の伯父の奥さんが亡くなった時には、義母から参列しなくてもいいと言われました。

お父さんがあまり親戚づきあいをしていない方だったなら、主さんとは血縁もない義理の間柄だから参列しなくていい、と判断されたのかもしれません。
親戚づきあいがあまりないなら、「恥ずかしい」とかもあまり考えられないのではないかと思います。
関係性が遠いからだ、と思っておかれていいと思います。