子供が地域のサッカーチーム(スポ少)に入ってますがイマイチ上達しません。チームの中で一番下手っぴです。華奢な体形でスタミナがなく周りの子よりバテるのが早いです。

本人が楽しんでいるなら、いいのではないですか。
自主練をするかどうかは、まだ小学生ですし
そこまで気にしなくていいと思いますよ。

費用の面や、クラブチームへの送迎、遠征の送迎や準備
などが負担になっているようでしたら、
無理のないようにされた方がいいと思いますが。。

男の子は中学以降に背も伸びますからね。
どうしても小・中学生の時は、個人の体格差が出てしまうことは
あるものでしょう。
焦らずに、長い目で見られてはいかがでしょうか。

中学に行っても、部活やクラブチームで
サッカーを続けたいと思った時、必要に迫られれば
トレーニングにも身が入るかもしれませんし、
中学に行っても、楽しく趣味程度と思うのであっても、
体力づくりにはなりますし、それはそれでいいと思いますよ。
無気力で何もしない、できないより健全な楽しみがある方が
いいですからね。