他の子を注意するべきか悩んだのでご意見を頂きたいです。 昨日、普段行かないスーパーに行ったらボールプールが無料開放していたので2歳の息子を遊ばせていました。

注意された3さんの行動は間違ってないと思います。今後も同じような場面では、是非そうしてもらいたいと思います。

昔は近所の人や全く知らない人でも子供に注意しましたよね。
それは子供は社会の宝という考えがあったからだと思うのです。
ただ怒るというのでなく、それは社会的にしてはいけないことなんだよ、と教えてやる。これは大人の務めだと思います。
そしてそう大人に諭されて、子供もハッとして善悪を学ぶというところもあるのです。
逆に子供だって良心の部分ではわかっているのだから、注意してやらなきゃいけないというところも私達大人にはあるように思います。

その際、3さんのように誤解されて後味の悪い思いをすることのないように、まず『そこの子たち～』なんて、呼び掛けの言葉をつけてから注意してみてはどうでしょう？他人の子だと周囲にも認知してもらえると思いますよね。
いけないことは、無料だろうが何だろうがいけないことなんですから、子供たち自身のために、年長者の一つの責任としてやっていきませんか？