産休復帰後の部署異動を命じられました。 今の部署は事務職で会社までは30分ほどで行けます。 異動部署は生産業務の工場勤務で車で片道1時間半かかります。

訴える事そのものは出来ますが、それで前の部署に戻ったとしたら、それはそれで居心地悪い思いしますよ。「こいつは面倒な奴だ」って距離を置かれるだけならマシで、嫌がらせされるかもしれません。
辞めたら辞めたで転職がすんなり行ける時期でもないからこそ悩む問題ですよね。
時短勤務の事務職って求人結構出てますがほぼパートですし、パートだと収入下がったり今後のキャリアアップに支障出たりもありますからね。