最近、ネットニュースか何かで幼少期に保護者と沢山遊んだ子とそうじゃなかった子を比べると、保護者と沢山遊んだ子の方が学力か何かが高い結果だったみたいなのを見た気が

もしかしたら、それも原因の一つかもしれません。でもそもそも息子さんの性質なのかもしれません。

得意教科と苦手教科が理系文系でハッキリ分かれていないことが少し不思議でしたが、
息子さん、暗記は得意なのかもしれませんね。理科社会は多くが暗記だと思います。

でも、問題の中での、前後の文脈や関連が理解しづらいのかな。国語と英語は言語が違うだけで語学だし、数学も一種の論理ですから。

確かに、身近な人と良くコミュニケーションをとっている子は、文脈や関連を、無意識に日常的に学べるでしょうから。国語力や理解力は上がるのかも。

今からでも息子さんとお話しする時間を少し多めに取ってみてはいかがですか？
ついでに、過去のことを後悔するよりも、苦手分野をこれからどう改善していくのかに焦点を移した方が良いかと思います。