派遣社員が契約途中で辞めた場合、派遣元に迷惑をかけますよね？ 派遣社員にも何かペナルティーがあるんでしょうか？

派遣元、派遣先ともに多大な迷惑を掛けます。
そもそも主さんと派遣元、派遣元と派遣先で契約を組んでいる以上は正当な理由無く途中で契約放棄は認められません。
途中に辞めたいと思っても担当営業者と何度も話し合いを行った上で「退職に至る正当な理由」が無ければ派遣元が退職を認めない事は認められています。そう言う契約を最初に主さんと派遣元でしていますから。
可能なら満期まで働くのがなんの心配もせず、スムースに辞められますよ。