恐らく犯人は息子です。 どうすれは？

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まぁそうなるよね…
高校３年ともなれば知恵が付く。
小さい子相手とは違う対処法が必要。

証拠がなければ手出しできない。
実際、家主が疑問に思わない程度の数万円だけ抜いていく空き巣とかもいるようですから。

ここは一旦引いて(これ以上は主さんの立場が悪くなる)、やはり自衛の方向で行くべきかと。

これは疑いの対象にしないように、家族のためでもあると自分は思います。