何がしたいの？

店長の経緯は、計算なのか上部からの対応なのか、嫌がらせなのかは聞かなくては分かりません。

貴方の立場からしたら上部、スーパーマネージャー等又は監査部が必ず会社にはいます。その方々に相談を持ちかけることが出来る立場です。
そこまでしたくない。って人が大半なので、ここで相談するよりは現場の上の方々に相談するのが一番です。
それが難しかったのなら、辞めるか、治まるまで待つかですね。