過度なのではないか？ という勤怠管理方式に疑問があります。 私の職場には出退勤の管理に それぞれの業務用パソコンからログインする勤怠システムがあります

たしかに無駄が多いようですね。　ただ、会社の業務形態によっては必要になる場合があるのかも知れません。　　このソフトウエアを開発している会社は様々な業務に対応できるようにと、機能を盛り込みすぎたのではないかと思います。　　かといって、それぞれの業務に合わせたソフトウエアを個別に開発するわけにもいかず、このような事態になってしまったのではないでしょうか。　　　一部機能を使用しないという了承を得られるよう交渉してみてはどうでしょうか。