悩みというか興味ごとなのですが…。 特別支援学校で小６の子どもがお世話になっています。 この時期先生方は来年度のクラス編成会議で残業続きの毎日だそうです。

２つ考えられると思います。

１つは、やはり意図的にクラスを離したい子どものペアっていうのはあると思いますが、限られたクラス数で、離したい子どものペアがどれだけいるかにもよると思います。
その場合、優先順位がついてしまうので学校で先生から見て離した方が良いと判断された方から離す事になると思います。
例えば、主さんのお子さんや相手のお子さんそれぞれに他に先生としては離したい子どもがいた場合、結果全員をバラバラに出来ないので、優先順位でみた場合2人が一緒になってしまった。

２つめは、単純に先生が次の学年の先生への引き継ぎが上手くいかなかった。

家の学校では、多少の引き継ぎはあるのでしょうが、新しい学年の先生でのクラス分けになります。
家の子どもも特別支援級ですが、さほど引き継ぎされてる印象は薄いです。
内示は、終業式と聞いたので、そこから先生もバタバタするのでしょうね。