普段寛大な主人がキレました 時間指定していた荷物が来ず、問い合せたら手違いか何かで時間指定扱いになっていないと言われさらに保管中だから今日の配達はもうできない

その日より後の日が指定されてしまってるから保管中で持ち出していないことはありえるけど、
指定なしの荷物がもうあるのに持ち出されてないってことはないはずですね。
日時指定はともかく持ち出していないせいで今日中の配達が無理になったのはやはり運送屋のミス。二重のミスがあったんですね。
正直運送屋で短期バイトやりましたが、指定日の指定時間の荷物も持ち出していないミスとかほとんど毎日発生でしたよ。