離婚調停を申立したんですが調停までに時間がかかり、その間に旦那に子供を会わせないと、不利になってしまうんでしょうか？ 別居しているんですが、ラインで子供に会い

話が決着するまでは会わせない、離婚が成立すれば会わせるので、その間の協議をしましょうという態度であれば、不利益というようなことはありません。ただ、協議中でも月１回ぐらいは会わせませんかと調停委員から勧められるでしょう。
親権を取った後にも会わせたくないというようなことを言ったり、面会交流の条件についての話し合いを拒否するようなことがあると、親権者を決めるときに多少事情として考慮されることはあります。あくまで多少です。