小学校では両親揃ってるのが普通？ 保育園とのギャップに驚いてます。 シングルで子供は1年生です。 同じ児童館に行ってるクラスの子が、毎朝お母さんと一緒

「普通」という言葉だから、≒正しいみたいな感じするけど、マジョリティかマイノリティかで言ったら両親がいる方がマジョリティではありますよね。

子どもが大勢いるので、この件に限らず指導側がマジョリティに合わすことは仕方ないと思います。
とはいえ、学校側（担任）に「お父さんお母さんではなく、『おうちの人』等の言い方に変えていただくことはできませんか。」と文句ではなく"提案"すること自体は構わないと思います。
学校がどうするかはわかりませんが。

ただし、お子さんにはお父さんがいなくても変ではないこと、そういうことを言ってくる方がダメなことだから気にしなくて良いということを根気よく伝えてメンタルを育てていくしかないと思います。
学校生活をしていく以上、子どもが小さければ小さいほどマイノリティを異質と感じるため、正直これからも必ず言われる場面が何度となく出てくるはずで、避けられないと思うからです。

「○○（お子さん）は、色んなおうちがあって皆が同じじゃないことを解る優しい子だとお母さん嬉しいな。」と言ってあげてはどうでしょうか。

因みに私の娘は高校生ですが、高校生ともなると特別な目で見る事もなく普通によくいる人位の感じで話してますよ。
また、もっとちいさな子どもの頃から誰かが「シングルだからイジメられた」話は聞きませんでした。家族のことを根掘り葉掘り聞く人は相手がシングルだろうがなんだろうが話のネタにする人なだけなので、上手にスルーしましょう。