彼女が妊娠しました。 ちゃんと避妊していて、破れたりしてないし、入れる前にちゃんとコンドームつけていたし、今まで付き合っていた彼女も上手く避妊できていたのにな

産婦人科で診察すれば妊娠周期や排卵時期もわかるので、托卵疑うのであれば心当たりのある日に行為をしたか照らし合わせてみてもよいと思います。
男性にありがちですが、妊娠○週＝行為したのが○週間前というわけではないので注意してください。出産後DNA鑑定をするのであれば、どなたかもおっしゃっているように、浮気の疑いを極力出さないよう、「身内がDNA鑑定していた事で初期に疾患が見つかって早期治療ができた、万一のことを考えて我が子が健康かどうか早めに検査しておきたい」などとそれっぽい理由で説得した方が波風たたないと思います。（それで頑なに拒否されたらこっそり検査するとかですかね。）

托卵でないとすればよっぽど相性がいいとかでしょうか。男性は本当に自分の子供なのか不安があると思いますが、本当に僅かな確率で妊娠に至っていた場合、主さん以上に彼女もすごく不安をかかえていると思います。
将来の不安や、子供を持つと言う不安、つわりや出産は心構えができていても心身ともに辛いし怖いですし、万一堕ろすとしても、体のダメージはあるので今後子供が出来にくくなるリスクもあります。何より彼氏である主さんが本心ではどう思っているか、2人のこれからはどうなるのか、主さんが離れて行ってしまった場合、自分一人で出産育児ができるのか…私が彼女の立場であれば本当に不安でしょうがないと思います。できる限り寄り添ってあげられるといいですね。