彼女が妊娠しました。 ちゃんと避妊していて、破れたりしてないし、入れる前にちゃんとコンドームつけていたし、今まで付き合っていた彼女も上手く避妊できていたのにな

色々考えても無駄で結局は2択になると思います。

彼女を信じ、結婚し出産する。
その際自分の子である事を確定させたいから遺伝子検査はすると宣言する。

今はそういう時期じゃないからおろしてもらうようにお願いする。

どちらかになると思いますよ。
おろす方を選ぶなら、浮気の可能性が浮上しますね。
遺伝子検査をNGとする場合も同様です。