本日の14時ごろにファミレスに行きました。店内はバタバタしていました。席の案内前に店員の方にお手洗いを聞いて、お手洗いを済ませて戻って呼び出し待ち用の椅子に座っ

そんなに混むのに名前記入のシステムが無い(または普段あるのに出してないのか)なんておかしいですし、
記入が無いなら来たお客の順番はきちんと確認するのが普通なのに、

たまたまとは言え戸惑うだろうし嫌な思いもされましたね。

地域によっての、暗黙の了解のマナー？あるんでしょうか。
九州に住んでいないのでわからないですが。

今回はその家族連れが大人数でパッと目に入ってしまったという理由ではないかと思います。