融通の利かない（いじわる？な）上司の対応。（愚痴です） 経理職で働いており、2部署を兼任しています。最近兼任が始まったのですがA部署をメインに、B部署をサブと

A上司とB上司で話し合ってもらい、主さんの業務の割り振り方を分けてもらったらどうでしょう。
ウエイトが半々なら、午前はA、午後はBとか。
主さんに兼務についての裁量を任されていれば、片方が暇な時に別の方の業務をやれるので、責任は伴うものの一番融通が効いて楽かもしれませんが、兼務を決めているのは会社ですから、時間で分けて、その間は帰属していない方には余計なことを言わせないというのも手ではないでしょうか。