セクハラとパワハラに遭い休職していましたが、このまま居続けても仕方ないので今月末日付で退職したい旨上司に伝えました。 その際に、給与額と徴収額が逆転する可能性

関係ある話ですぐに思いついたのはこの話ですね。

https://coopkyosai.coop/about/lpa/column/fp_210719_01.html

>給与額と徴収額が逆転

これはあり得ないですね。
支給額と徴収額だったら意味がわかりますけど。

あとは、住民税徴収の話ですかね。

https://pca.jp/p-tips/articles/fl200503.html

会社としてはそのまま納税した方が手続きが楽だと思います。
退職すると給料から天引き出来なくなるので、先に支払う税金分のお金を全額徴収しておきたいという頭が働く。

転職先が決まっているか分かりませんが、退職後って何かとお金がかかりますからね。
まともに考えたら、手元にお金を残しておきたいと思うんですよ。

住民税は自分で払うから引かないで欲しいと伝えておいた方がいいと思います。

私は特に会社からの要望に応じるメリットがないと思いますので、拒否しますね。