セクハラとパワハラに遭い休職していましたが、このまま居続けても仕方ないので今月末日付で退職したい旨上司に伝えました。 その際に、給与額と徴収額が逆転する可能性

ご質問についての回答は「内容としてはノー」です。

何故なら、あなたに伝えようとも伝えなくとも、
会社は退職者へ、法律と会社規定に基づいて粛々と手続きを取るからです。
手続きの中で起こる現象の説明なので、
あなたに話すか話さないかは、
内容を変えるものではないので
会社にとってはメリットもデメリットもありません。

ただ「そういう手続きを口実に、退職に向けて最後の打ち合わせをしたいのだろう」という予見ができます。
この場合「会って話したい会社」にとって、
あなたに会えることは当然メリットとなります。

個人的には「逆転って何？何故？」の疑問の方が強いですが。