宗教を理由に結婚できない方々は結構いらっしゃるのでしょうか。私の家系では祖父母の代から某宗教を信仰しており、代々親の意向で入信し、私も言葉が話せるようになってか

すべては相手次第だと思います。「強制入信させられるわけじゃないなら、いいよ」と言うかもしれないし、「え？宗教入ってんの？無理無理」ってなるかもしれないし、こればかりは分かりませんね。
でも「年に1人あたり約3万円しかかからない」と言いますが、仮に主さん１人しか入信していなかったとしても、20年払ったら60万円ですね。60万あったら、子供のために何がしてあげられるかなとか、私なら考えちゃいます。もちろん経済的に余裕があるなら問題ないですが。
また、お母様は婚約が決まってから打ち明けたとのことですが、逆に言えば、婚約が決まるまでは隠してたのかなとかも思ってしまいます。
自分の周りに宗教に入っている人がいないので、聞いてみたいのですが、
「私と家族は脱退するつもりはありません」とありますが、毎年３万円払って幸せになれたんでしょうか。