関東在住、実家暮らしの25歳女です。 付き合って1年ほどの彼氏がいるのですが、彼氏が来年の4月から実家の家業を継ぐのに、実家のある宮崎県に帰ることになりました

迷うお気持ち、分かります。彼と一緒になりたいけど、現在までご両親と暮らしてきて、今後も近くにいるんだと思っていたのに急に実家を離れるというのは難しい問題ですね。
私も彼と一緒ならどこに行っても大丈夫だと思っていました。結婚して結局は私の実家の近くに住んでいるのですが、やはり一週間後ぐらいに彼とのライフスタイルの違いにホームシックになりました(笑)それから妊娠してつわりや通院で両親に頼ることができました。やっぱり近くに住んでいてよかった、結婚しても助けてもらってばかりで両親には頭があがりません。でも「自分も両親(私の祖父母)に頼っていたから」と言ってくれました。

やはり結婚、妊娠、出産…と乗り越えていくには周りの協力も欠かせないと思います。宮崎の彼のご両親、ご親族にお会いし環境としてどうなのか、しっかり見極め最終的に決めるのはどうでしょうか。
すでに回答にもありますが、主さんのご両親にもご縁の話をして自分の行きたい気持ちも伝えた上でまずは宮崎にご挨拶に伺うとよいと思います。