喉のクラミジア等の性病を放置すると子宮内膜症？などになると知りました。だいたい喉から性病に感染してどのくらい放置すると子宮内膜症等、他の臓器までやられるんでしょ

クラミジアは細胞から細胞へと伝染していくので、喉での感染が子宮にまで至ることはごく稀です。両方へ感染する場合はほぼ、感染者の性器と口腔性向と膣性向の両方を行ったことによるものです。
また、喉へのクラミジアの感染は無症状であることが多く、このことで感染が容易に広がるようになっているので、のどの痛みがクラミジアである可能性は低いのではないでしょうか。

もし喉のクラミジアであれば、今も感染しているはずなので、まずは喉だけでも病院で検査することをお勧めします。