・iPhone本体は一括払いで購入して使用中。 現在UQでSIM契約して使用中。 ・MNPせず楽天モバイルでSIMを新規契約して今使っているiPhoneに入

iPhoneは継続的に利用して、そのiPhoneに入ってるUQのSIMから楽天モバイルのSIMに交換した時にアプリや写真が消えるかって話ですか？

その場合ならアプリや写真が消えることはないです。
ただSIMで本人確認等を行っている一部アプリの場合は使用できなくなるため、アプリ消去後に再度入れ直す等の対応が必要になる場合があると思います。